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tasks/samtools.wdl
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| set -o pipefail | set -o pipefail | ||||
| set -e | set -e | ||||
| cp ${bam_file} ${bam_id} | |||||
| samtools index ${bam_file} | samtools index ${bam_file} | ||||
| >>> | >>> | ||||
| } | } | ||||
| output { | output { | ||||
| File bam = "$(bam_id)" | |||||
| File bam_index = "$(bam_id).bai" | File bam_index = "$(bam_id).bai" | ||||
| } | } | ||||
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