For RNA-seq data, from bams to AS Information files.
Nie możesz wybrać więcej, niż 25 tematów Tematy muszą się zaczynać od litery lub cyfry, mogą zawierać myślniki ('-') i mogą mieć do 35 znaków.

samtools.wdl 620B

1234567891011121314151617181920212223242526272829303132
  1. task samtools {
  2. File bam_file
  3. String bam_id=basename(bam_file)
  4. String docker
  5. String cluster
  6. String disk_size
  7. command <<<
  8. set -o pipefail
  9. set -e
  10. mkdir -p /cromwell_root/tmp/
  11. cp ${bam_file} /cromwell_root/tmp/
  12. /opt/conda/bin/samtools index -b /cromwell_root/tmp/${bam_id}
  13. >>>
  14. runtime {
  15. docker: docker
  16. cluster: cluster
  17. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  18. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  19. }
  20. output {
  21. File bam = "${bam_id}"
  22. File bam_index = "${bam_id}.bai"
  23. }
  24. }