@@ -1,9 +1,6 @@ | |||
task samtools { | |||
File bam_file | |||
String bam_id=basename(bam_file) | |||
String bam_index=bam_id + ".bai" | |||
String docker | |||
String cluster | |||
String disk_size | |||
@@ -28,8 +25,8 @@ task samtools { | |||
} | |||
output { | |||
File bam="${bam_id}" | |||
File bam_index="${bam_index}" | |||
File bam = "${bam_id}" | |||
File bam_index = "${bam_id}.bai" | |||
} | |||
} |