更新 'tasks/spladder_single.wdl'

tasks/spladder_single.wdl

         mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
 
         nt=$(nproc)
-
+                  
         spladder build --bams ${bam} \
                 --annotation ${reference_gtf_file} \
                 --ignore-mismatches \
                 --verbose \
-                --confidence 2 \
                 --merge-strat single \
+                --sparse-bam \  
+                --confidence 2 \
                 --readlen 150 \
-                --sparse-bam \
                 --parallel $nt \
-                --outdir ${sample_id}/spladder_out
+                --outdir ${sample_id}/spladder_out               
+                  
         
         find . -depth > fileList.txt
     >>>