Integrate the graphs across samples, to form one merged splicing graph (per gene).
Du kannst nicht mehr als 25 Themen auswählen Themen müssen entweder mit einem Buchstaben oder einer Ziffer beginnen. Sie können Bindestriche („-“) enthalten und bis zu 35 Zeichen lang sein.

vor 3 Jahren
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  1. task spladder {
  2. String sample_id
  3. Array[File] bam
  4. Array[File] bai
  5. Array[File] pickle
  6. File reference_gtf_file
  7. String docker
  8. String cluster
  9. String disk_size
  10. command <<<
  11. set -o pipefail
  12. set -e
  13. mkdir -p ${sample_id}/spladder_out
  14. echo ${bam} > bam.txt
  15. sed ':a ; N;s/\n/,/ ; t a ; ' bam.txt > alignment.txt
  16. for i in ${sep=" " pickle}
  17. do
  18. ln -s $i ${sample_id}/spladder_out/$i
  19. echo ${sample_id}/spladder_out/$i
  20. echo ${sample_id}/spladder_out/$i >> pickle.txt
  21. done
  22. find . -depth > fileList.txt
  23. >>>
  24. runtime {
  25. docker: docker
  26. cluster: cluster
  27. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  28. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  29. }
  30. output {
  31. File fileList = "fileList.txt"
  32. File alignment = "alignment.txt"
  33. File pickle_txt = "pickle.txt"
  34. }
  35. }