Haonan917
1 년 전
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| HaplotyperCaller implemented by Google DeepVariant is used to identify germline variants. | HaplotyperCaller implemented by Google DeepVariant is used to identify germline variants. | ||||
| #### [DeepVariant](<https://github.com/google/deepvariant>) 1.5.0 | |||||
| ```bash | ```bash | ||||
| # Calling variant | # Calling variant | ||||
| deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WGS --ref=${ref_dir}/${fasta} --reads=${recaled_bam} --output_vcf=${sample}_hc.vcf --num_shards=$(nproc) | deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WGS --ref=${ref_dir}/${fasta} --reads=${recaled_bam} --output_vcf=${sample}_hc.vcf --num_shards=$(nproc) |
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