replace sentieon · 85b0cd6df0 - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

Procházet zdrojové kódy

replace sentieon

tags/v0.3.0

Haonan917 před 1 rokem

rodič

d395a7ef60

revize

85b0cd6df0

1 změnil soubory, kde provedl 2 přidání a 0 odebrání

Jednotný pohled

							
								+ 2
								
								- 0
							
README.mdZobrazit soubor
								
															HaplotyperCaller implemented by Google DeepVariant is used to identify germline variants.
															
															HaplotyperCaller implemented by Google DeepVariant is used to identify germline variants.
														
															#### [DeepVariant](<https://github.com/google/deepvariant>) 1.5.0
														
															```bash
															
															```bash
														
															# Calling variant
															
															# Calling variant
														
															deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WGS --ref=${ref_dir}/${fasta} --reads=${recaled_bam} --output_vcf=${sample}_hc.vcf --num_shards=$(nproc)
															
															deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WGS --ref=${ref_dir}/${fasta} --reads=${recaled_bam} --output_vcf=${sample}_hc.vcf --num_shards=$(nproc)