Procházet zdrojové kódy

replace sentieon

tags/v0.3.0
Haonan917 před 1 rokem
rodič
revize
85b0cd6df0
1 změnil soubory, kde provedl 2 přidání a 0 odebrání
  1. +2
    -0
      README.md

+ 2
- 0
README.md Zobrazit soubor



HaplotyperCaller implemented by Google DeepVariant is used to identify germline variants. HaplotyperCaller implemented by Google DeepVariant is used to identify germline variants.


#### [DeepVariant](<https://github.com/google/deepvariant>) 1.5.0

```bash ```bash
# Calling variant # Calling variant
deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WGS --ref=${ref_dir}/${fasta} --reads=${recaled_bam} --output_vcf=${sample}_hc.vcf --num_shards=$(nproc) deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WGS --ref=${ref_dir}/${fasta} --reads=${recaled_bam} --output_vcf=${sample}_hc.vcf --num_shards=$(nproc)

Načítá se…
Zrušit
Uložit