Pārlūkot izejas kodu

replace sentieon

tags/v0.3.0
Haonan917 pirms 1 gada
vecāks
revīzija
85b0cd6df0
1 mainītis faili ar 2 papildinājumiem un 0 dzēšanām
  1. +2
    -0
      README.md

+ 2
- 0
README.md Parādīt failu

@@ -112,6 +112,8 @@ samtools index -@ $(nproc) -o ${sample}.sorted.deduped.bam.bai ${sample}.sorte

HaplotyperCaller implemented by Google DeepVariant is used to identify germline variants.

#### [DeepVariant](<https://github.com/google/deepvariant>) 1.5.0

```bash
# Calling variant
deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WGS --ref=${ref_dir}/${fasta} --reads=${recaled_bam} --output_vcf=${sample}_hc.vcf --num_shards=$(nproc)

Notiek ielāde…
Atcelt
Saglabāt