更新 'tasks/starfusion.wdl'

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tasks/starfusion.wdl

@@ -20,6 +20,9 @@ task starfusion{
             --right_fq ${fastq2} \
             --CPU 4 \
             --output_dir  ${sample_id}/output
+
+        tar -zcvf ${sample_id}_output/${sample_id}_FusionInspector-validate.tgz ${sample_id}_output/FusionInspector-validate
+
     >>>
 	
     runtime {
@@ -31,6 +34,11 @@ task starfusion{
 
     output {
         Array[File] starfusion_result=glob("${sample_id}/output/*.tsv")
+        Array[File] starfusion_bam=glob("${sample_id}_output/*.bam")
+        Array[File] starfusion_tab=glob("${sample_id}_output/*.tab")
+        Array[File] starfusion_junction=glob("${sample_id}_output/*.junction")
+        Array[File] starfusion_out=glob("${sample_id}_output/*.out")
+        Array[File] starfusion_tgz=glob("${sample_id}_output/*.tgz")
     }
 
 }