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更新 'tasks/rediscoverte.wdl'

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biochenglinliu 3 年前
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cp -r ${r_annotation} ./ cp -r ${r_annotation} ./
cp /software/REdiscoverTE/a.Rdata ./ cp /software/REdiscoverTE/a.Rdata ./
/opt/conda/bin/Rscript /software/REdiscoverTE/rollup.R /opt/conda/bin/Rscript /software/REdiscoverTE/rollup.R
cp Step_2_salmon_counts/quant.sf ./${sample_id}_quant.sf


>>> >>>


output { output {
Array[File] te_result=glob("./Step_4_rollup2/*.RDS") Array[File] te_result=glob("./Step_4_rollup2/*.RDS")
Array[File] te_quant=glob("./*.sf")
} }


} }

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