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tasks/charger.wdl
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| mkdir ./input/ | mkdir ./input/ | ||||
| mkdir ./output/ | mkdir ./output/ | ||||
| sed 's/chr//' ${vep_vcf} > ./input/${vep_index}.nochr.vcf | |||||
| sed 's/chr//' ${vep_vcf} > ./input/$vep_index.nochr.vcf | |||||
| charger -f ./input/${vep_index}.nochr.vcf \ | |||||
| charger -f ./input/$vep_index.nochr.vcf \ | |||||
| -o ./output/$vep_index.charger.tsv \ | -o ./output/$vep_index.charger.tsv \ | ||||
| -D --inheritanceGeneList ${inheritanceGeneList} \ | -D --inheritanceGeneList ${inheritanceGeneList} \ | ||||
| -l --mac-clinvar-tsv ${clinvar} \ | -l --mac-clinvar-tsv ${clinvar} \ |
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