YaqingLiu
/
variant-calling
Слідкувати 1
В обрані 0
Форк 1
Код Проблеми 0 Запити на злиття 0 Релізи 3 Вікі Активність
Germline & Somatic short variant discovery (SNVs + Indels) for WGS & WES.
Ви не можете вибрати більше 25 тем Теми мають розпочинатися з літери або цифри, можуть містити дефіси (-) і не повинні перевищувати 35 символів.
1 Коміт
1 Гілка
Дерево: b9b58e0480
Гілки Теги
${ item.name }
Створити гілку ${ searchTerm }
з 'b9b58e0480'
${ noResults }
variant-calling/tasks/somaticFilter.wdl

45 lines
2.5KB
Неформатований Blame Історія 

  1. task somaticFilter {

  2.     

  3.     String sample

  4.     File varscan_snp_somatic_hc

  5.     File varscan_snp_germline_hc

  6.     File varscan_snp_loh_hc

  7.     File varscan_indel_somatic_hc

  8.     File varscan_indel_germline_hc

  9.     File varscan_indel_loh_hc

  10.     File varscan_indel

  11. 

  12.     String docker

  13.     String cluster_config

  14.     String disk_size

  15. 

  16.     command <<<

  17.         java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_snp_somatic_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --indel-file ${varscan_indel} --output-file ${sample}.VarScan.TN.SNP.Somatic.filter.vcf

  18. 

  19.         java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_snp_germline_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --indel-file ${varscan_indel} --output-file ${sample}.VarScan.TN.SNP.Germline.filter.vcf

  20. 

  21.         java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_snp_loh_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --indel-file ${varscan_indel} --output-file ${sample}.VarScan.TN.SNP.LOH.filter.vcf

  22. 

  23.         java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_indel_somatic_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --output-file ${sample}.VarScan.TN.INDEL.Somatic.filter.vcf

  24. 

  25.         java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_indel_germline_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --output-file ${sample}.VarScan.TN.INDEL.Germline.filter.vcf

  26. 

  27.         java -Xmx12g -jar /opt/VarScan.v2.4.3.jar somaticFilter ${varscan_indel_loh_hc} --min-coverage 10 --min-reads2 2 --min-strands2 1 --min-avg-qual 20 --p-value 0.1 --output-file ${sample}.VarScan.TN.INDEL.LOH.filter.vcf

  28.     >>>

  29. 

  30.     runtime {

  31.         docker: docker

  32.         cluster: cluster_config

  33.         systemDisk: "cloud_ssd 40"

  34.         dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"

  35.     }

  36. 

  37.     output {

  38. 		File varscan_snp_somatic_filter = "${sample}.VarScan.TN.SNP.Somatic.filter.vcf"

  39.         File varscan_snp_germline_filter = "${sample}.VarScan.TN.SNP.Germline.filter.vcf"

  40. 		File varscan_snp_loh_filter = "${sample}.VarScan.TN.SNP.LOH.filter.vcf"

  41. 		File varscan_indel_somatic_filter = "${sample}.VarScan.TN.INDEL.Somatic.filter.vcf"

  42.         File varscan_indel_germline_filter = "${sample}.VarScan.TN.INDEL.Germline.filter.vcf"

  43. 		File varscan_indel_loh_filter = "${sample}.VarScan.TN.INDEL.LOH.filter.vcf"

  44.     }

  45. }