Germline & Somatic short variant discovery (SNVs + Indels) for WGS & WES.
Вы не можете выбрать более 25 тем Темы должны начинаться с буквы или цифры, могут содержать дефисы(-) и должны содержать не более 35 символов.
YaqingLiu 031f11adde Fix Bug: input 4 лет назад
.vscode first commit 4 лет назад
tasks Fix Bug: input 4 лет назад
.DS_Store first commit 4 лет назад
LICENSE.md first commit 4 лет назад
README.md Fix Bug: input 4 лет назад
defaults Fix Bug: input 4 лет назад
inputs Fix Bug: input 4 лет назад
workflow.wdl Fix Bug: input 4 лет назад

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 25/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Introduction

Variant calling pipeline from mapping to generating MAF files with three optional callers, i.e. TNseq, TNscope and Varscan2, for WGS and WES data.

Please carefully check the reference genome, bed file, etc.

Usage

open-choppy-env

choppy install YaqingLiu/variant-calling-latest

choppy samples YaqingLiu/variant-calling-latest --no-default
# sample_id,fastq_1,fastq_2

choppy batch YaqingLiu/variant-calling-latest samples.csv -p Project -l Label

# Query the status of all tasks in the project
choppy query -L Label | grep "status"