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tasks/Pindel.wdl
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| set -o pipefail | set -o pipefail | ||||
| set -e | set -e | ||||
| nt=$(nproc) | |||||
| mkdir ./pindel_result/ | mkdir ./pindel_result/ | ||||
| mkdir ./input | mkdir ./input | ||||
| -f ${ref_dir}/${fasta} \ | -f ${ref_dir}/${fasta} \ | ||||
| -o ./pindel_result/${sample_id} \ | -o ./pindel_result/${sample_id} \ | ||||
| -c all \ | -c all \ | ||||
| -T 4 \ | |||||
| -T $nt \ | |||||
| -x 4 \ | -x 4 \ | ||||
| -l \ | -l \ | ||||
| -B 0 \ | -B 0 \ |
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