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tasks/depth.wdl
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| @@ -8,7 +8,7 @@ task depth { | |||
| String disk_size | |||
| command <<< | |||
| /opt/conda/bin/samtools depth -b ${bed} ${bam} > ${sample_id}.depth | |||
| /opt/conda/bin/samtools depth -a -b ${bed} ${bam} > ${sample_id}.depth | |||
| >>> | |||
| runtime { | |||
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