YaqingLiu 4 лет назад
Родитель
Сommit
f6c0d19ee5
1 измененных файлов: 1 добавлений и 1 удалений
  1. +1
    -1
      tasks/picard.wdl

+ 1
- 1
tasks/picard.wdl Просмотреть файл

@@ -14,7 +14,7 @@ task picard {
set -o pipefail
set -e
nt=$(nproc)
java -jar /usr/bin/picard/picard.jar LiftoverVcf I = ${vcf} O = ${sample}_picard.vcf REJECT=rejected_variants.vcf CHAIN = ${chain_dir}/${chain} R = ${ref_dir}/${fasta}
java -jar /usr/bin/picard/picard.jar LiftoverVcf -I ${vcf} -O ${sample}_picard.vcf -REJECT rejected_variants.vcf -CHAIN ${chain_dir}/${chain} -R ${ref_dir}/${fasta}
>>>
runtime {

Загрузка…
Отмена
Сохранить