променени са 1 файла, в които са добавени 2 реда и са изтрити 2 реда
+ 2
- 2
tasks/depth.wdl
Целия файл
| @@ -10,8 +10,8 @@ task depth { | |||
| String disk_size | |||
| command <<< | |||
| /opt/conda/bin/samtools depth -a -b ${regions} ${raw_bam} > ${sample_id}.raw.depth | |||
| /opt/conda/bin/samtools depth -a -b ${regions} ${deduped_bam} > ${sample_id}.deduped.depth | |||
| /opt/conda/bin/samtools depth -aa -b ${regions} ${raw_bam} > ${sample_id}.raw.depth | |||
| /opt/conda/bin/samtools depth -aa -b ${regions} ${deduped_bam} > ${sample_id}.deduped.depth | |||
| sort -k1,1V -k2,2n ${sample_id}.raw.depth | awk '{printf "%s:%i\t%i\n" , $1,$2,$3}' > ${sample_id}.raw.sorted.depth | |||
| sort -k1,1V -k2,2n ${sample_id}.deduped.depth | awk '{printf "%s:%i\t%i\n" , $1,$2,$3}' > ${sample_id}.deduped.sorted.depth | |||
| join -e NULL -a1 -j 1 -o 1.1,1.2,2.2 ${sample_id}.raw.sorted.depth ${sample_id}.deduped.sorted.depth > ${sample_id}.depth | |||
Loading…