Calculate the bed coverage of multiple BAM files before and after dedup
Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
stead99 3b5feb5de0 revised-bedtools-task před 5 roky
tasks revised-bedtools-task před 5 roky
README.md revised-bedtools-task před 5 roky
input_samples_file.tsv revised-readme před 5 roky
inputs first-commit před 5 roky
workflow.wdl revised-bedtools-task před 5 roky

README.md

Author: Jun Shang

Email: shangjunv@163.com

Last Updates: 20/03/2020

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
$ source activate choppy
$ choppy install junshang/bedtools
$ choppy apps

quick start

  • 将 input_samples.tsv 放到阿里云,路径用户自己设定

input_samples_file.tsv 格式参考上述示例文件

  • 准备 samples.csv 文件,如下:
$ choppy samples junshang/bedtools-latest > samples.csv
$ choppy batch junshang/bedtools-latest samples.csv -p Your_project_name