YaqingLiu/bedtools-multicov - Choppy for Reproducible Omics Pipeline

Calculate the bed coverage of multiple BAM files before and after dedup

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import "./tasks/bedtools.wdl" as bedtools

workflow {{ project_name }} {

	File input_samples_file
	File bed_file
	Array[File] bam = read_lines(input_samples_file)
	call bedtools.bedtools as bedtools {
			input:
			bam=bam,
			bed_file=bed_file

	}
}