Calculate the bed coverage of multiple BAM files before and after dedup
Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.

README.md 526B

5 år sedan
5 år sedan
5 år sedan
5 år sedan
1234567891011121314151617181920212223242526272829
  1. > Author: Jun Shang
  2. >
  3. > Email: shangjunv@163.com
  4. >
  5. > Last Updates: 20/03/2020
  6. #### Requirements
  7. - choppy
  8. - Ali-Cloud
  9. ```
  10. $ source activate choppy
  11. $ choppy install junshang/bedtools
  12. $ choppy apps
  13. ```
  14. #### quick start
  15. - 将 input_samples.tsv 放到阿里云,路径用户自己设定
  16. > input_samples_file.tsv 格式参考上述示例文件
  17. - 准备 samples.csv 文件,如下:
  18. ```
  19. $ choppy samples junshang/bedtools-latest > samples.csv
  20. $ choppy batch junshang/bedtools-latest samples.csv -p Your_project_name
  21. ```