YaqingLiu
/
bcftools-merge
Bevaka 1
Stjärnmärk 0
Förgrening 0
Kod Ärenden 0 Pull-förfrågningar 0 Släpp 0 Wiki Aktiviteter
bcftools-merge is used to merge VCF files into a singe VCF.
Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.
1 Commit
1 Gren
Träd: e8b7c05485
Grenar Taggar
${ item.name }
Skapa branchen ${ searchTerm }
från 'e8b7c05485'
${ noResults }
bcftools-merge/defaults

23 lines
1.2KB
Rå Blame Historik 

  1. {

  2.     "fasta": "hg19_nochr.fa",

  3.     "ref_dir": "oss://pgx-reference-data/hg19/",

  4.     "dbsnp": "dbsnp_138.hg19_nochr_sorted.vcf",

  5.     "dbsnp_dir": "oss://pgx-reference-data/hg19/",

  6.     "SENTIEON_INSTALL_DIR": "/opt/sentieon-genomics",

  7.     "SENTIEON_LICENSE": "192.168.0.55:8990",

  8.     "dbmills_dir": "oss://pgx-reference-data/hg19/",

  9.     "db_mills": "Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg19_nochr.vcf",

  10.     "sentieon_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/sentieon-genomics:v2017.11.04",

  11.     "annovar_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/annovar:v2018.04",

  12.     "vcf2maf_r_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/r-base:4.0.2",

  13.     "bcftools_docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/bcftools:v1.9",

  14.     "database": "oss://pgx-reference-data/annovar/",

  15.     "regions": "oss://pgx-reference-data/reference/wes_bedfiles/agilent_v6/agilent_v6.bed",

  16.     "PONmode": true,

  17.     "cosmic_vcf": "CosmicCodingMuts.hg19.v91.vcf",

  18.     "cosmic_dir": "oss://pgx-reference-data/reference/cosmic/",

  19.     "disk_size": "200",

  20.     "cluster_config": "OnDemand bcs.a2.3xlarge img-ubuntu-vpc",

  21.     "set_annovar": true,

  22.     "set_vcf2maf": true

  23. }