1 змінених файлів з 4 додано та 2 видалено
+ 4
- 2
tasks/bcftools.wdl
Переглянути файл
| mkdir -p /cromwell_root/tmp/bcftools/ | mkdir -p /cromwell_root/tmp/bcftools/ | ||||
| #for i in ${sep=" " pon_vcf} | #for i in ${sep=" " pon_vcf} | ||||
| #do | #do | ||||
| bcftools view ${pon_vcf}/*.vcf -Oz -o /cromwell_root/tmp/bcftools/*.vcf.gz | |||||
| #done | |||||
| for i in ${pon_vcf}/*.vcf | |||||
| do | |||||
| bcftools view $i -Oz -o /cromwell_root/tmp/bcftools/$i.gz | |||||
| done | |||||
| bcftools merge -m any -f PASS,. --force-samples /cromwell_root/tmp/bcftools/*.vcf.gz |\ | bcftools merge -m any -f PASS,. --force-samples /cromwell_root/tmp/bcftools/*.vcf.gz |\ | ||||
| bcftools plugin fill-AN-AC |\ | bcftools plugin fill-AN-AC |\ |
Завантаження…