1 změnil soubory, kde provedl 1 přidání a 0 odebrání
+ 1
- 0
tasks/bcftools.wdl
Zobrazit soubor
| bcftools view ${pon_vcf3} -Oz -o /cromwell_root/tmp/bcftools/$(basename $pon_vcf3).gz | bcftools view ${pon_vcf3} -Oz -o /cromwell_root/tmp/bcftools/$(basename $pon_vcf3).gz | ||||
| cd /cromwell_root/tmp/bcftools | cd /cromwell_root/tmp/bcftools | ||||
| ls | |||||
| bcftools index *.vcf.gz | bcftools index *.vcf.gz | ||||
| bcftools merge -m all -f PASS,. --force-samples *.vcf.gz |\ | bcftools merge -m all -f PASS,. --force-samples *.vcf.gz |\ |
Načítá se…