Update: VEP parameter

tasks/VEP.wdl

@@ -54,20 +54,29 @@ task VEP {
     # --vep-fork $nt
 
     # vep
-    perl ${vep_path}/vep \
-    --input_file ${basename}.PASS.vcf --output_file ${basename}.PASS.vep.vcf \
-    --fasta ${ref_dir}/${fasta} \
-    --dir ${cache} \
+    # perl ${vep_path}/vep \
+    # --input_file ${basename}.PASS.vcf --output_file ${basename}.PASS.vep.vcf \
+    # --fasta ${ref_dir}/${fasta} \
+    # --dir ${cache} \
+    # --assembly ${ncbi_build} \
+    # --species ${species} \
+    # --fork $nt \
+    # --format vcf --vcf \
+    # --no_progress \
+    # --no_stats \
+    # $buffer_size \
+    # --sift b \
+    # --ccds --uniprot --hgvs --symbol --numbers --domains --gene_phenotype --canonical --protein --biotype --uniprot --tsl --variant_class --shift_hgvs 1 --check_existing --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --failed 1 --flag_pick_allele --pick_order canonical,tsl,biotype,rank,ccds,length --force_overwrite --offline --pubmed --regulatory
+    
+    perl ${vep_path}/vep --format vcf --vcf \
     --assembly ${ncbi_build} \
-    --species ${species} \
-    --fork $nt \
-    --format vcf --vcf \
-    --no_progress \
-    --no_stats \
-    $buffer_size \
-    --sift b \
-    --ccds --uniprot --hgvs --symbol --numbers --domains --gene_phenotype --canonical --protein --biotype --uniprot --tsl --variant_class --shift_hgvs 1 --check_existing --total_length --allele_number --no_escape --xref_refseq --failed 1 --flag_pick_allele --pick_order canonical,tsl,biotype,rank,ccds,length --force_overwrite --offline --pubmed --regulatory
+    --everything --af_exac \
+    --offline \
+    --cache --dir_cache ${cache} \
+    --fasta ${ref_dir}/${fasta} \
+    --input_file ${basename}.PASS.vcf --output_file ${basename}.PASS.vep.vcf
 
+    
     # vcf2maf
     perl ${vcf2maf_path}/vcf2maf.pl \
     --inhibit-vep \