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YaqingLiu il y a 4 ans
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révision
0c0dfc94bc
2 fichiers modifiés avec 12 ajouts et 12 suppressions
  1. +2
    -2
      tasks/vcf2maf.wdl
  2. +10
    -10
      workflow.wdl

+ 2
- 2
tasks/vcf2maf.wdl Voir le fichier

@@ -4,8 +4,8 @@ task vcf2maf {
String basename = basename(vcf,".vcf")
String tumor_id
String normal_id
File ref_dir
String fasta
File ref_dir
String fasta
String vep_path
File cache
String ncbi_build

+ 10
- 10
workflow.wdl Voir le fichier

@@ -1,13 +1,13 @@
import "./tasks/vcf2maf.wdl" as vcf2maf

workflow {{ project_name }} {
File vcf
String sample_id
String tumor_id
String normal_id
File ref_dir
String fasta
File ref_dir
String fasta
String vep_path
File cache
String ncbi_build
@@ -16,9 +16,9 @@ workflow {{ project_name }} {
String cluster_config
String disk_size

call vcf2maf.vcf2maf as vcf2maf {
input:
vcf=vcf,
call vcf2maf.vcf2maf as vcf2maf {
input:
vcf=vcf,
tumor_id=tumor_id,
normal_id=normal_id,
ref_dir=ref_dir,
@@ -27,8 +27,8 @@ workflow {{ project_name }} {
cache=cache,
ncbi_build=ncbi_build,
species=species,
docker=vep_docker,
cluster_config=cluster_config,
disk_size=disk_size
}
docker=vep_docker,
cluster_config=cluster_config,
disk_size=disk_size
}
}

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