YaqingLiu
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PoN
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Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.
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12 Commits
1 Branch
Struktur: a4ff00123d
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „a4ff00123d“
${ noResults }
YaqingLiu a4ff00123d Update workflow vor 4 Jahren
tasks Add: mergePoN vor 4 Jahren
README.md Add: mergePoN vor 4 Jahren
defaults Add: mergePoN vor 4 Jahren
inputs Update workflow vor 4 Jahren
samples.json Update workflow vor 4 Jahren
workflow.wdl Update workflow vor 4 Jahren

README.md

README.md

Author: Yaqing Liu

Email: yaqing.liu@outlook.com

Last Updates: 07/04/2021

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
  • Linux

Panel of Normals

The Panel of Normals approach uses a set of matched normal samples to determine the baseline level from which to call CNV events. These matched normal samples should be derived from the same library prep and sequencing workflow that was used for the case sample. This allows the algorithm to subtract out system level biases that are not sample specific.

Usage

```