Generate the Panel of Normal files for TNseq and TNscope.
Vous ne pouvez pas sélectionner plus de 25 sujets
Les noms de sujets doivent commencer par une lettre ou un nombre, peuvent contenir des tirets ('-') et peuvent comporter jusqu'à 35 caractères.
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- task mapping {
-
- File ref_dir
- String fasta
- File fastq_1
- File fastq_2
-
- String SENTIEON_INSTALL_DIR
- String SENTIEON_LICENSE
- String group
- String sample
- String pl
- String docker
- String cluster_config
- String disk_size
-
- command <<<
- set -o pipefail
- set -e
- export SENTIEON_LICENSE=${SENTIEON_LICENSE}
- nt=$(nproc)
- ${SENTIEON_INSTALL_DIR}/bin/bwa mem -M -R "@RG\tID:${group}\tSM:${sample}\tPL:${pl}" -t $nt -K 10000000 ${ref_dir}/${fasta} ${fastq_1} ${fastq_2} | ${SENTIEON_INSTALL_DIR}/bin/sentieon util sort -o ${sample}.sorted.bam -t $nt --sam2bam -i -
- >>>
-
- runtime {
- docker: docker
- cluster: cluster_config
- systemDisk: "cloud_ssd 40"
- dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
- }
- output {
- File sorted_bam = "${sample}.sorted.bam"
- File sorted_bam_index = "${sample}.sorted.bam.bai"
- }
- }
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