YaqingLiu
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NCG-coverage
geforkt von chenqingwang/bam-readcount
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The coverage of 2315 genes selected from the Network of Cancer Genes (NCG).
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19 Commits
1 Branch
Struktur: 1aaf342569
Branches Tags
${ item.name }
Erstelle Branch ${ searchTerm }
von „1aaf342569“
${ noResults }
chenqingwang 1aaf342569 更新 'README.md' vor 4 Jahren
tasks 更新 'tasks/BAMReadCount.wdl' vor 4 Jahren
.DS_Store first commit vor 4 Jahren
README.md 更新 'README.md' vor 4 Jahren
defaults 更新 'defaults' vor 4 Jahren
inputs 更新 'inputs' vor 4 Jahren
workflow.wdl 更新 'workflow.wdl' vor 4 Jahren

README.md

README.md

Author: Qingwang Chen

Email: qwch20@fudan.edu.cn

Last Updates: 16/10/2020

Requirements

  • choppy
  • Ali-Cloud
# 激活choppy环境
$ source activate choppy (open-choppy-env)

# 第一次安装
$ choppy install chenqingwang/bam-readcount
# 非第一次安装
$ choppy install chenqingwang/bam-readcount -f 

# 查询已安装APP
$ choppy apps

Quick Start

```

准备 samples.csv 文件

$ choppy samples junshang/bedtools-latest > samples.csv

提交任务

$ choppy batch junshang/bedtools-latest samples.csv -p Your_project_name -l Your_label

查询任务运行状况

$ choppy query -L Your_label | grep “status”

查询失败任务

$ choppy search -s Failed -p Test_bamreadcount_chenqingwang_20201016 -u chenqingwang --short-format

结果文件地址

$ oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Your_project_name/