RNA-seq下游数据分析-ballgown到报告。 以Rscript为主,对接PGx RNA-seq choppy现有pipeline,到生成RNA-seq分析报告所需的rds和csv文件。
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779B

20190516

  • 修改RNAseq_6_enrichfunc.R,增加输出一些message。

  • RNAseq_5_pwGSEA.R 增加参数 -d 用于定义参考文件的路径

  • 完成,准备第二轮测试。

20190515

  • 增加代码RNAseq_1_expr_stringtie.R,用于处理stringtie的输出文件

  • 增加代码RNAseq_1_expr_stringtie.R

  • 修改文件名RNAseq_1_ballgown.R变为RNAseq_1_expr_ballgown.R

  • 修改RNAseq_1_expr_ballgown.R 输出文件名

  • 修改1的read.table,改为fread,加速

  • 增加News.md

20190514

  • 修改2.3 4.5 .6 的read.table 增加参数check.names=F,解决colnames “-”的问题
  • 修改 5 pwGSEA,增加参数 -d 输入reference dir 的directery
  • 修改readme 中5_pwGSEA
  • 增加FAQ.md
  • 修改百科,增加FAQ。