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 利用 [Trimmomatic](http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic)软件对测序数据进行去接头引物和修剪低质量序列，利用 [HISAT2](http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/faq.shtml)将高质量序列比对到人的参考基因组hg38上，基于Ensembl基因模型，利用[StringTie](http://ccb.jhu.edu/software/stringtie)进行转录本重构和定量，利用Ballgown对结果进行基因水平转化。此外，我们采用 [FastQC](https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)、[FastQ_Screen](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq_screen/)和[MultiQC](http://www.multiqc.info)等软件对测序数据进行质量评估，利用 [QualiMap](http://qualimap.bioinfo.cipf.es)对比对数据进行质量评估。主成分分析、相关性分析、聚类分析、差异基因和功能富集分析利用R/Bioconducter进行分析。
 
 
-<!-- choppy report --project-dir ~/report --templ-dir /home/pgx/Zhanggroup_13_20190502 -m server -f -e --site-name 'RNA-seq Report' --site-author PGx --dev-addr 0.0.0.0:8002 --theme pgx_mkdocs -->
+<!-- script in alireport : choppy report --project-dir  ~/report/ --templ-dir /home/pgx/YY_report_example -m server -f -e --site-name 'RNA-seq Example Report' --site-author YY --dev-addr 0.0.0.0:8007 --theme pgx_mkdocs  -->