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FAQ.md

@@ -0,0 +1,84 @@
+# RNAseqDownstream2report-FAQ
+
+
+
+
+
+## 关于conda配置的问题？
+
+修改bashrc文件，并激活
+
+```bash
+vi .bashrc 
+#添加：export PATH=${PATH}:/opt/local/miniconda3/bin
+source ~/.bashrc
+```
+
+![](https://ws3.sinaimg.cn/large/006tNc79ly1g2yn9p39ecj30ws0aa785.jpg)
+.bashrc文件修改样式参考
+
+
+
+## 如何激活choppy软件以使用choppy 报告系统？
+
+使用 source active进行
+
+```shell
+#注意您使用的服务器的choppy版本号
+source activate choppy-0.3.5
+```
+
+
+
+## PGx的服务器如何联网？
+
+PGx服务器所在的复旦大学有线网络每天都会断网，需要每天联网。
+
+联网方法：以10.157.72.53服务器
+
+```shell
+bash /home/softwares/net.sh
+```
+
+如果不确定服务器是否联网了，可以使用 ``` ping baidu.com ```来确认。
+
+
+
+## 如何使用choppy在阿里云查看ballgown/StringTie数据并下载？
+
+请参考
+
+《[使用Choppy进行半自动化进行RNA-seq质控分析](http://choppy.3steps.cn/go-choppy/choppy-docs/issues/2)》
+
+
+
+```shell
+choppy listfiles -r oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/|grep gene.abundance.txt >stringtie_outputfile.txt
+cat stringtie_outputfile.txt |awk '{print "choppy download " $0}' >download_stringtie_outputfile.txt 
+bash download_stringtie_outputfile.txt 
+```
+
+结果存储位置：
+
+例如：
+
+oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/ffe961ee-bbdb-48a4-adf0-5276a5e92147/call-stringtie/D6-2_1P.gene.abundance.txt
+
+存储位置在
+
+./test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/ffe961ee-bbdb-48a4-adf0-5276a5e92147/call-stringtie/D6-2_1P.gene.abundance.txt
+
+
+
+注：阿里云下载需收费：
+
+计价：
+
+00:00-08:00（闲时）：0.125元/GB
+8:00-24:00（忙时）：0.25元/GB
+
+
+
+## 为什么我choppy的报告index.md中代码无法调用choppy report插件？
+
+调用choppy report插件的代码请勿使用代码块模式。

News.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+# 20190516
+
+- 修改RNAseq_6_enrichfunc.R，增加输出一些message。
+
+- RNAseq_5_pwGSEA.R 增加参数 -d 用于定义参考文件的路径
+
+- 完成，准备第二轮测试。
+
+
+
+# 20190515
+
+- 增加代码RNAseq_1_expr_stringtie.R，用于处理stringtie的输出文件
+
+- 增加代码RNAseq_1_expr_stringtie.R
+
+- 修改文件名RNAseq_1_ballgown.R变为RNAseq_1_expr_ballgown.R
+
+- 修改RNAseq_1_expr_ballgown.R 输出文件名
+
+- 修改1的read.table，改为fread，加速
+
+- 增加News.md
+
+
+
+# 20190514
+
+- 修改2.3 4.5 .6 的read.table 增加参数check.names=F，解决colnames “-”的问题
+- 修改 5 pwGSEA，增加参数 -d 输入reference dir 的directery
+- 修改readme 中5_pwGSEA 
+- 增加FAQ.md
+- 修改百科，增加FAQ。