更新 'FAQ.md'

FAQ.md

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-# RNAseqDownstream2report-FAQ
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-## 关于conda配置的问题？
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-修改bashrc文件，并激活
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-```bash
-vi .bashrc 
-#添加：export PATH=${PATH}:/opt/local/miniconda3/bin
-source ~/.bashrc
-```
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-![](https://ws3.sinaimg.cn/large/006tNc79ly1g2yn9p39ecj30ws0aa785.jpg)
-.bashrc文件修改样式参考
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-## 如何激活choppy软件以使用choppy 报告系统？
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-使用 source active进行
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-```shell
-#注意您使用的服务器的choppy版本号
-source activate choppy-0.3.5
-```
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-## PGx的服务器如何联网？
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-PGx服务器所在的复旦大学有线网络每天都会断网，需要每天联网。
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-联网方法：以10.157.72.53服务器
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-```shell
-bash /home/softwares/net.sh
-```
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-如果不确定服务器是否联网了，可以使用 ``` ping baidu.com ```来确认。
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-## 如何使用choppy在阿里云查看ballgown/StringTie数据并下载？
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-请参考
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-《[使用Choppy进行半自动化进行RNA-seq质控分析](http://choppy.3steps.cn/go-choppy/choppy-docs/issues/2)》
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-```shell
-choppy listfiles -r oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/|grep gene.abundance.txt >stringtie_outputfile.txt
-cat stringtie_outputfile.txt |awk '{print "choppy download " $0}' >download_stringtie_outputfile.txt 
-bash download_stringtie_outputfile.txt 
-```
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-结果存储位置：
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-例如：
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-oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/ffe961ee-bbdb-48a4-adf0-5276a5e92147/call-stringtie/D6-2_1P.gene.abundance.txt
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-存储位置在
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-./test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/ffe961ee-bbdb-48a4-adf0-5276a5e92147/call-stringtie/D6-2_1P.gene.abundance.txt
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-注：阿里云下载需收费：
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-计价：
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-00:00-08:00（闲时）：0.125元/GB
-8:00-24:00（忙时）：0.25元/GB
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-## 为什么我choppy的报告index.md中代码无法调用choppy report插件？
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-调用choppy report插件的代码请勿使用代码块模式。
+# RNAseqDownstream2report-FAQ
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+## 关于conda配置的问题？
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+修改bashrc文件，并激活
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+```bash
+vi .bashrc 
+#添加：export PATH=${PATH}:/opt/local/miniconda3/bin
+source ~/.bashrc
+```
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+![](https://ws3.sinaimg.cn/large/006tNc79ly1g2yn9p39ecj30ws0aa785.jpg)
+.bashrc文件修改样式参考
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+## 如何激活choppy软件以使用choppy 报告系统？
+
+使用 source active进行
+
+```shell
+#注意您使用的服务器的choppy版本号
+source activate choppy-0.3.5
+```
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+## PGx的服务器如何联网？
+
+PGx服务器所在的复旦大学有线网络每天都会断网，需要每天联网。
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+联网方法：以10.157.72.53服务器
+
+```shell
+bash /home/softwares/net.sh
+```
+
+如果不确定服务器是否联网了，可以使用 ``` ping baidu.com ```来确认。
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+## 如何使用choppy在阿里云查看ballgown/StringTie数据并下载？
+
+请参考
+
+《[使用Choppy进行半自动化进行RNA-seq质控分析](http://choppy.3steps.cn/go-choppy/choppy-docs/issues/2)》
+
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+
+```shell
+# aliyun fuwuqi
+choppy listfiles -r oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/|grep gene.abundance.txt >stringtie_outputfile.txt
+cat stringtie_outputfile.txt |awk '{print "choppy download " $0}' >download_stringtie_outputfile.txt 
+bash download_stringtie_outputfile.txt 
+
+# neiwang fuwuqi 
+choppy listfiles -r oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/|grep gene.abundance.txt >stringtie_outputfile.txt
+cat stringtie_outputfile.txt |awk '{print "choppy download " $0 " ./"}' >download_stringtie_outputfile.txt 
+bash download_stringtie_outputfile.txt 
+
+```
+
+结果存储位置：
+
+例如：
+
+oss://choppy-cromwell-result/test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/ffe961ee-bbdb-48a4-adf0-5276a5e92147/call-stringtie/D6-2_1P.gene.abundance.txt
+
+存储位置在
+
+./test-choppy/Beiruicleandata_rnaseq_190508_lizhihui/ffe961ee-bbdb-48a4-adf0-5276a5e92147/call-stringtie/D6-2_1P.gene.abundance.txt
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+注：阿里云下载需收费：
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+计价：
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+00:00-08:00（闲时）：0.125元/GB
+8:00-24:00（忙时）：0.25元/GB
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+## 为什么我choppy的报告index.md中代码无法调用choppy report插件？
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+调用choppy report插件的代码请勿使用代码块模式。
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+## RNA-seq 报告中 multiqc所需要哪些文件？
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+- fastqc：后缀为_fastqc.zip文件
+- fastqscreen：后缀为_screen.txt文件
+- qualimap：qualimap.zip文件