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README.md

@@ -14,13 +14,13 @@ RNA-seq下游数据分析-ballgown到报告。 以Rscript为主，对接PGx RNA-
 
 2. **RNAseq_2_PCA.R** ： 计算PCA。
 
-3. **RNAseq_3_cor.R**：计算correlation，输出choppy report所需的scatterplot图的rds和csv文件。
+3. **RNAseq_3_cor.R**：计算correlation。
 
 4. **RNAseq_4_pwDEG.R**：根据分组信息，计算两两差异信息。
 
-5. **RNAseq_5_pwGSEA.R：**根据基因表达水平基于GSEA进行通路分析。
+5. **RNAseq_5_pwGSEA.R**：根据基因表达水平基于GSEA进行通路分析。
 
-6. **RNAseq_6_enrichFunc.R：**根据差异基因进行GO和KEGG通路分析。
+6. **RNAseq_6_enrichFunc.R**：根据差异基因进行GO和KEGG通路分析。
 
 
 
@@ -63,10 +63,10 @@ graph LR;
 
    ```shell
    Rscript RNAseq_1_ballgown.R -i ./ballgown/ 
-   Rscript RNAseq_2_pca.R -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g summary_group.txt
-   Rscript RNAseq_3_cor.R -o -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g summary_group.txt 
-   Rscript RNAseq_4_pwDEG.R  -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g summary_group.txt -a TRUE -b TRUE -f -4.05
-   Rscript RNAseq_5_pwGSEA.R -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g summary_group.txt 
+   Rscript RNAseq_2_pca.R -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g group.txt
+   Rscript RNAseq_3_cor.R -o -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g group.txt 
+   Rscript RNAseq_4_pwDEG.R  -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g group.txt -a TRUE -b TRUE -f -4.05
+   Rscript RNAseq_5_pwGSEA.R -i rnaseq_geneexp_log2fpkm_floor0p01_c13r58395_2019-04-30.txt -g group.txt 
    Rscript RNAseq_6_enrichfunc.R -i rnaseq_degs_acrossgroups.csv
    ```
 
@@ -621,3 +621,34 @@ Rscript RNAseq_6_enrichfunc.R -i rnaseq_degs_acrossgroups.csv
 
 oss://choppy-app-example-data/RNAseqDownstream2report_exampledata/ 13例RNA-seq数据。
 
+
+
+## R library
+
+R library used:
+
+```R
+library(optparse) #all
+library(ballgown) #RNAseq_1_ballgown.R
+library(fgsea) #RNAseq_5_pwGSEA.R
+library(clusterProfiler) #RNAseq_6_enrichfunc.R
+library(org.Hs.eg.db) #RNAseq_5_pwGSEA.R &RNAseq_6_enrichfunc.R
+```
+
+
+
+​	如果需要安装，
+
+```R
+if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
+    install.packages("BiocManager")
+BiocManager::install("ballgown")
+BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
+BiocManager::install("fgsea")
+BiocManager::install("clusterProfiler")
+
+install.packages("optparse")
+```
+
+
+​