RNA-seq下游数据分析-ballgown到报告。 以Rscript为主,对接PGx RNA-seq choppy现有pipeline,到生成RNA-seq分析报告所需的rds和csv文件。
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6 лет назад
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  1. # 20190528
  2. - 报告模板.md 更名为 index.md,与报告系统统一。
  3. - 报告模板修改typo错误
  4. # 20190516
  5. - 修改RNAseq_6_enrichfunc.R,增加输出一些message。
  6. - RNAseq_5_pwGSEA.R 增加参数 -d 用于定义参考文件的路径
  7. - 完成,准备第二轮测试。
  8. # 20190515
  9. - 增加代码RNAseq_1_expr_stringtie.R,用于处理stringtie的输出文件
  10. - 增加代码RNAseq_1_expr_stringtie.R
  11. - 修改文件名RNAseq_1_ballgown.R变为RNAseq_1_expr_ballgown.R
  12. - 修改RNAseq_1_expr_ballgown.R 输出文件名
  13. - 修改1的read.table,改为fread,加速
  14. - 增加News.md
  15. # 20190514
  16. - 修改2.3 4.5 .6 的read.table 增加参数check.names=F,解决colnames “-”的问题
  17. - 修改 5 pwGSEA,增加参数 -d 输入reference dir 的directery
  18. - 修改readme 中5_pwGSEA
  19. - 增加FAQ.md
  20. - 修改百科,增加FAQ。