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add docker

master
songyq 4 년 전
부모
커밋
d87eab544b
3개의 변경된 파일5개의 추가작업 그리고 1개의 파일을 삭제
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      inputs
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      tasks/mergefq.wdl
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      workflow.wdl

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inputs 파일 보기

"{{ project_name }}.fq3": "{{ fq3 }}", "{{ project_name }}.fq3": "{{ fq3 }}",
"{{ project_name }}.fq_m": "{{ fq_m }}", "{{ project_name }}.fq_m": "{{ fq_m }}",
"{{ project_name }}.disk_size": "{{ disk_size }}", "{{ project_name }}.disk_size": "{{ disk_size }}",
"{{ project_name }}.docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/samtools:v1.3.1",
"{{ project_name }}.cluster_config": "OnDemand bcs.a2.large img-ubuntu-vpc" "{{ project_name }}.cluster_config": "OnDemand bcs.a2.large img-ubuntu-vpc"
} }

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tasks/mergefq.wdl 파일 보기

File fq3 File fq3
String fq_m String fq_m
String disk_size String disk_size
String docker
String cluster_config String cluster_config


command <<< command <<<
if [ ! ${fq3} ]; then if [ ! ${fq3} ]; then
cat ${fq1} ${fq2} > ${fq_m} cat ${fq1} ${fq2} > ${fq_m}
else else
cat ${fq1} ${fq2} ${fq3} > ${fq_m}
cat ${fq1} ${fq2} ${fq3} > ${fq_m}
fi fi
>>> >>>


runtime { runtime {
docker: docker
systemDisk: "cloud_ssd 40" systemDisk: "cloud_ssd 40"
cluster: cluster_config cluster: cluster_config
dataDisk:"cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/" dataDisk:"cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"

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workflow.wdl 파일 보기

File? fq3 File? fq3
String fq_m String fq_m
String disk_size String disk_size
String docker
String cluster_config String cluster_config


call mergefq.mergefq as mergefq { call mergefq.mergefq as mergefq {

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