LUYAO REN
4 роки тому
1 змінених файлів з 1 додано та 3 видалено
+ 1
- 3
tasks/benchmark.wdl
Переглянути файл
| cp -r ${benchmarking_dir} /cromwell_root/tmp/ | cp -r ${benchmarking_dir} /cromwell_root/tmp/ | ||||
| gunzip ${vcf} -c > unzip.vcf | gunzip ${vcf} -c > unzip.vcf | ||||
| cat unzip.vcf | grep '##' | grep -v 'contig' | cat - ${contig} > header | |||||
| cat unzip.vcf | grep '#CHROM' > name | cat unzip.vcf | grep '#CHROM' > name | ||||
| cat unzip.vcf | grep -v '#' > body | cat unzip.vcf | grep -v '#' > body | ||||
| cat body | grep -w '^chr1\|^chr2\|^chr3\|^chr4\|^chr5\|^chr6\|^chr7\|^chr8\|^chr9\|^chr10\|^chr11\|^chr12\|^chr13\|^chr14\|^chr15\|^chr16\|^chr17\|^chr18\|^chr19\|^chr20\|^chr21\|^chr22\|^chrX' > body.filtered | cat body | grep -w '^chr1\|^chr2\|^chr3\|^chr4\|^chr5\|^chr6\|^chr7\|^chr8\|^chr9\|^chr10\|^chr11\|^chr12\|^chr13\|^chr14\|^chr15\|^chr16\|^chr17\|^chr18\|^chr19\|^chr20\|^chr21\|^chr22\|^chrX' > body.filtered | ||||
| cat header name body.filtered > filtered.vcf | |||||
| cat unzip.vcf | grep '##' | grep -v 'contig' | cat - ${contig} name body.filtered > filtered.vcf | |||||
| /opt/rtg-tools/dist/rtg-tools-3.10.1-4d58ead/rtg bgzip filtered.vcf -c > ${project}.${sample}.rtg.vcf.gz | /opt/rtg-tools/dist/rtg-tools-3.10.1-4d58ead/rtg bgzip filtered.vcf -c > ${project}.${sample}.rtg.vcf.gz |
Завантаження…