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merge_family.wdl 1.1KB

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  1. task merge_family {
  2. File LCL5_vcf_gz
  3. File LCL5_vcf_idx
  4. File LCL6_vcf_gz
  5. File LCL6_vcf_idx
  6. File LCL7_vcf_gz
  7. File LCL7_vcf_idx
  8. File LCL8_vcf_gz
  9. File LCL8_vcf_idx
  10. File rename
  11. String project
  12. String docker
  13. String cluster_config
  14. String disk_size
  15. command <<<
  16. /opt/rtg-tools/dist/rtg-tools-3.10.1-4d58ead/rtg vcfannotate --relabel=${rename} -i ${LCL5_vcf_gz} -o LCL5.vcf.gz
  17. /opt/rtg-tools/dist/rtg-tools-3.10.1-4d58ead/rtg vcfannotate --relabel=${rename} -i ${LCL6_vcf_gz} -o LCL6.vcf.gz
  18. /opt/rtg-tools/dist/rtg-tools-3.10.1-4d58ead/rtg vcfannotate --relabel=${rename} -i ${LCL7_vcf_gz} -o LCL7.vcf.gz
  19. /opt/rtg-tools/dist/rtg-tools-3.10.1-4d58ead/rtg vcfannotate --relabel=${rename} -i ${LCL8_vcf_gz} -o LCL8.vcf.gz
  20. /opt/rtg-tools/dist/rtg-tools-3.10.1-4d58ead/rtg vcfmerge --force-merge-all -o ${project}.family.vcf.gz LCL5_vcf_gz LCL6_vcf_gz LCL7_vcf_gz LCL8_vcf_gz
  21. gunzip ${project}.family.vcf.gz
  22. >>>
  23. runtime {
  24. docker:docker
  25. cluster: cluster_config
  26. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  27. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  28. }
  29. output {
  30. File merged_vcf = "${project}.family.vcf"
  31. }
  32. }