renluyao
/
quartet-wes-germline-data-analysis-qc
Bevaka 1
Stjärnmärk 0
Förgrening 0
Kod Ärenden 0 Pull-förfrågningar 0 Släpp 0 Wiki Aktiviteter
Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.
6 Incheckningar
1 Gren
Gren: master
Grenar Taggar
${ item.name }
Skapa branchen ${ searchTerm }
från 'master'
${ noResults }
quartet-wes-germline-data-a.../codescripts/precision_recall

26 lines
3.4KB
Rå Permalänk Blame Historik 

  1. Type	Filter	TRUTH.TOTAL	TRUTH.TP	TRUTH.FN	QUERY.TOTAL	QUERY.FP	QUERY.UNK	FP.gt	METRIC.Recall	METRIC.Precision	METRIC.Frac_NA	METRIC.F1_Score	TRUTH.TOTAL.TiTv_ratio	QUERY.TOTAL.TiTv_ratio	TRUTH.TOTAL.het_hom_ratio	QUERY.TOTAL.het_hom_ratio

  2. INDEL	ALL	611469	32000	579469	52892	10380	10361	5049	0.052333	0.755943	0.19589	0.097889			1.60450055781	0.506141804262

  3. SNP	ALL	3607071	270183	3336888	342022	52610	19197	32200	0.074904	0.837032	0.056128	0.137503	2.06510079715	2.31948838383	1.35160768181	0.585277660595

  4. INDEL	ALL	611469	32000	579469	52892	10380	10361	5049	0.052333	0.755943	0.19589	0.097889			1.60450055781	0.506141804262

  5. SNP	ALL	3607071	270183	3336888	342022	52610	19197	32200	0.074904	0.837032	0.056128	0.137503	2.06510079715	2.31948838383	1.35160768181	0.585277660595

  6. INDEL	ALL	611469	32000	579469	52892	10380	10361	5049	0.052333	0.755943	0.19589	0.097889			1.60450055781	0.506141804262

  7. SNP	ALL	3607071	270183	3336888	342022	52610	19197	32200	0.074904	0.837032	0.056128	0.137503	2.06510079715	2.31948838383	1.35160768181	0.585277660595

  8. INDEL	ALL	611469	27751	583718	45833	8555	9382	4372	0.045384	0.765301	0.2047	0.085687			1.60450055781	0.544685459037

  9. SNP	ALL	3607071	229603	3377468	285728	38719	17379	25945	0.063654	0.855714	0.060824	0.118493	2.06510079715	2.2934525799	1.35160768181	0.611069128478

  10. INDEL	ALL	611469	27751	583718	45833	8555	9382	4372	0.045384	0.765301	0.2047	0.085687			1.60450055781	0.544685459037

  11. SNP	ALL	3607071	229603	3377468	285728	38719	17379	25945	0.063654	0.855714	0.060824	0.118493	2.06510079715	2.2934525799	1.35160768181	0.611069128478

  12. INDEL	ALL	611469	27751	583718	45833	8555	9382	4372	0.045384	0.765301	0.2047	0.085687			1.60450055781	0.544685459037

  13. SNP	ALL	3607071	229603	3377468	285728	38719	17379	25945	0.063654	0.855714	0.060824	0.118493	2.06510079715	2.2934525799	1.35160768181	0.611069128478

  14. INDEL	ALL	602890	30755	572135	49871	9073	9927	4713	0.051013	0.772857	0.199054	0.095708			1.45794812615	0.537973508294

  15. SNP	ALL	3586918	261507	3325411	323937	43923	18478	30285	0.072906	0.856207	0.057042	0.13437	2.06425234942	2.30355959336	1.29577693834	0.580073379456

  16. INDEL	ALL	602890	30755	572135	49871	9073	9927	4713	0.051013	0.772857	0.199054	0.095708			1.45794812615	0.537973508294

  17. SNP	ALL	3586918	261507	3325411	323937	43923	18478	30285	0.072906	0.856207	0.057042	0.13437	2.06425234942	2.30355959336	1.29577693834	0.580073379456

  18. INDEL	ALL	602890	30755	572135	49871	9073	9927	4713	0.051013	0.772857	0.199054	0.095708			1.45794812615	0.537973508294

  19. SNP	ALL	3586918	261507	3325411	323937	43923	18478	30285	0.072906	0.856207	0.057042	0.13437	2.06425234942	2.30355959336	1.29577693834	0.580073379456

  20. INDEL	ALL	608169	27666	580503	45885	9139	8953	4193	0.045491	0.752545	0.195118	0.085795			1.50870570513	0.547063202057

  21. SNP	ALL	3604200	234173	3370027	307086	54292	18602	26830	0.064972	0.811802	0.060576	0.120315	2.06546454872	2.33046326017	1.34261182662	0.630876119451

  22. INDEL	ALL	608169	27666	580503	45885	9139	8953	4193	0.045491	0.752545	0.195118	0.085795			1.50870570513	0.547063202057

  23. SNP	ALL	3604200	234173	3370027	307086	54292	18602	26830	0.064972	0.811802	0.060576	0.120315	2.06546454872	2.33046326017	1.34261182662	0.630876119451

  24. INDEL	ALL	608169	27666	580503	45885	9139	8953	4193	0.045491	0.752545	0.195118	0.085795			1.50870570513	0.547063202057

  25. SNP	ALL	3604200	234173	3370027	307086	54292	18602	26830	0.064972	0.811802	0.060576	0.120315	2.06546454872	2.33046326017	1.34261182662	0.630876119451