high_confidence_calls_intergration/README.md

#高置信位点整合Part2——从VCF和BAM文件中提取突变位点的信息

> Author： Run Luyao
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> E-mail：18110700050@fudan.edu.cn
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> Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/HCC_Extract_Info.git
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> Last Updates: 11/9/2019

## 安装指南

```bash
# 激活choppy环境
source activate choppy
# 安装app
choppy install renluyao/HCC_Extract_Info
```

## App概述

当我们拿到测序结果的时候，没有办法判断哪些是真的突变位点，哪些是假阳性

## 流程与参数

两个问题：

1. MNP
2. merge之后的pos相同，但是ref和alt不同

是不是gatk的问题，尝试用bcftools norm

## App输入变量与输入文件

## App输出文件

## 结果展示与解读

## CHANGELOG

## FAQ