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  1. task merge {
  2. File snv_gzvcf_2
  3. File indel_gzvcf_2
  4. File snv_gzvcf_index
  5. File indel_gzvcf_index
  6. String sample
  7. String docker
  8. String cluster_config
  9. String disk_size
  10. command <<<
  11. bcftools concat -a ${snv_gzvcf_2} ${indel_gzvcf_2} > ${sample}.vcf
  12. >>>
  13. runtime {
  14. docker:docker
  15. cluster: cluster_config
  16. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  17. dataDisk: "cloud_ssd " + disk_size + " /cromwell_root/"
  18. }
  19. output {
  20. File vcf = "${sample}.vcf"
  21. }
  22. }