LUYAO REN
5 роки тому
1 змінених файлів з 1 додано та 1 видалено
+ 1
- 1
tasks/gvcf_homo_ref.wdl
Переглянути файл
| awk '{ if ($5 == "<NON_REF>") { print } }' ${gvcf} | sed s'/:/\t/'g | awk '{ if($16 >= 30) { print }}' | cut -f1,2,8 | sed s'/END=//g' > ${sample}.filtered.bed | awk '{ if ($5 == "<NON_REF>") { print } }' ${gvcf} | sed s'/:/\t/'g | awk '{ if($16 >= 30) { print }}' | cut -f1,2,8 | sed s'/END=//g' > ${sample}.filtered.bed | ||||
| bedtools merged -i ${sample}.filtered.bed > ${sample}.homo_ref.bed | |||||
| /opt/ccdg/bedtools-2.27.1/bin/bedtools merged -i ${sample}.filtered.bed > ${sample}.homo_ref.bed | |||||
| >>> | >>> | ||||
Завантаження…