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bedtools merge

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LUYAO REN 5 年前
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27c8352090
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      tasks/gvcf_homo_ref.wdl

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tasks/gvcf_homo_ref.wdl 查看文件

@@ -11,7 +11,7 @@ task gvcf_homo_ref {

awk '{ if ($5 == "<NON_REF>") { print } }' ${gvcf} | sed s'/:/\t/'g | awk '{ if($16 >= 30) { print }}' | cut -f1,2,8 | sed s'/END=//g' > ${sample}.filtered.bed

/opt/ccdg/bedtools-2.27.1/bin/bedtools merged -i ${sample}.filtered.bed > ${sample}.homo_ref.bed
/opt/ccdg/bedtools-2.27.1/bin/bedtools merge -i ${sample}.filtered.bed > ${sample}.homo_ref.bed

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