prepare junction bed and gtf with novel transcripts for PGA input
Vous ne pouvez pas sélectionner plus de 25 sujets Les noms de sujets doivent commencer par une lettre ou un nombre, peuvent contenir des tirets ('-') et peuvent comporter jusqu'à 35 caractères.

29 lignes
641B

  1. task samtools {
  2. File sam
  3. String sample_id
  4. String bam = sample_id + ".bam"
  5. String sorted_bam = sample_id + ".sorted.bam"
  6. String sorted_bam_index = sample_id + ".sorted.bam.bai"
  7. String docker
  8. String cluster
  9. command <<<
  10. set -o pipefail
  11. set -e
  12. nt=$(nproc)
  13. /opt/conda/bin/samtools view -bS ${sam} > ${bam}
  14. /opt/conda/bin/samtools sort -@ $nt ${bam} -o ${sorted_bam}
  15. >>>
  16. runtime {
  17. docker: docker
  18. cluster: cluster
  19. systemDisk: "cloud_ssd 40"
  20. dataDisk: "cloud_ssd 200 /cromwell_root/"
  21. }
  22. output {
  23. File out_bam = sorted_bam
  24. }
  25. }