renluyao
/
SAAV
Bevaka 1
Stjärnmärk 0
Förgrening 0
Kod Ärenden 0 Pull-förfrågningar 0 Släpp 0 Wiki Aktiviteter
prepare junction bed and gtf with novel transcripts for PGA input
Du kan inte välja fler än 25 ämnen Ämnen måste starta med en bokstav eller siffra, kan innehålla bindestreck ('-') och vara max 35 tecken långa.
1 Commit
1 Gren
Gren: master
Grenar Taggar
${ item.name }
Skapa branchen ${ searchTerm }
från 'master'
${ noResults }
SAAV/inputs

14 lines
981B
Rå Permalänk Blame Historik 

  1. {

  2.   "{{ project_name }}.idx_prefix": "genome_snp_tran",

  3.   "{{ project_name }}.stringtie.docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/stringtie:v1.3.4",

  4.   "{{ project_name }}.samtools.cluster": "OnDemand bcs.a2.large img-ubuntu-vpc",

  5.   "{{ project_name }}.samtools.docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/samtools:v1.3.1",

  6.   "{{ project_name }}.idx": "oss://pgx-reference-data/reference/hisat2/grch38_snp_tran/",

  7.   "{{ project_name }}.read2": "{{ read2 }}",

  8.   "{{ project_name }}.read1": "{{ read1 }}",

  9.   "{{ project_name }}.anno_gtf": "oss://pgx-reference-data/reference/annotation/Homo_sapiens.GRCh38.93.gtf",

  10.   "{{ project_name }}.sample_id": "{{ sample_id }}",

  11.   "{{ project_name }}.stringtie.cluster": "OnDemand bcs.a2.large img-ubuntu-vpc",

  12.   "{{ project_name }}.hisat2.docker": "registry.cn-shanghai.aliyuncs.com/pgx-docker-registry/hisat2:v2.1.0-2",

  13.   "{{ project_name }}.hisat2.cluster": "OnDemand bcs.a2.3xlarge img-ubuntu-vpc"

  14. }