LUYAO REN
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tasks/mapping.wdl
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| STAR --genomeDir ${SAref_dir} --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix OnePass_ | STAR --genomeDir ${SAref_dir} --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix OnePass_ | ||||
| genomeDir=./twoPass | genomeDir=./twoPass | ||||
| STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $genomeDir --genomeFastaFiles ${STref_dir}/${fasta} --sjdbFileChrStartEnd OnePass_SJ.out.tab --sjdbOverhang 75 --runThreadN 20 | |||||
| STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $genomeDir --genomeFastaFiles ${STref_dir}/${fasta} --sjdbFileChrStartEnd OnePass_SJ.out.tab --sjdbOverhang 75 --runThreadN 12 | |||||
| STAR --genomeDir $genomeDir --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix ${sample}_ | STAR --genomeDir $genomeDir --readFilesIn ${fastq_1} ${fastq_2} --readFilesCommand zcat --runThreadN 20 --outFileNamePrefix ${sample}_ |
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