# 原始数据和比对数据的质量控制

> Author：Ren Luyao
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> Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/RNAseq_QC.git
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> Email: 18110700050@fudan.edu.cn
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> Date: 2020/02/09

# APP概述

本APP包含了原始数据质量控制软件FastQC和FastqScreen和比对质量控制软件Qualimap，以及对多样本数据结果整合的multiqc。

# APP输入

本APP只有一个输入即inputSamplesFile，包含了需要计算样本的fastq read1与read2，bam和bam的index。

这个文件是一个txt，tab分隔，第一列是read1的阿里云地址，第二列是read2阿里云地址，第三列是bam，第四列是bam index。每一行是一个样本。可查看模版inputSamplesFileExamples.tsv。

```bash
#read1	#read2	#bam	#bai
```

# APP输出结果

所有的结果都会整合进multiqc。

如果需要各模块详细的结果，可下载对应结果。