readme

README.md

@@ -16,7 +16,7 @@
 
 本APP只有一个输入即inputSamplesFile，包含了需要计算样本的fastq read1与read2，bam和bam的index。
 
-这个文件是一个txt，tab分隔，第一列是read1的阿里云地址，第二列是read2阿里云地址，第三列是bam，第四列是bam index。每一行是一个样本。可查看模版inputSamplesFileExamples.tsv。
+这个文件是一个txt，tab分隔，第一列是read1的阿里云地址，第二列是read2阿里云地址，第三列是bam，第四列是bam index。每一行是一个样本。可查看模版inputSamplesFileExamples.tsv，**注意：#read1	#read2	#bam	#bai这一行要删掉**。
 
 ```bash
 #read1	#read2	#bam	#bai
@@ -26,8 +26,34 @@
 
 choppy samples文件中就填inputSamplesFile在阿里云上的地址。
 
+```bash
+# 1. 启动choppy
+source activate choppy
+# 2. 安装APP
+choppy install renluyao/RNAseq_QC
+# 3. 获得choppy samples的csv文件
+choppy samples RNAseq_QC-latest --output RNAseq_qc_samples
+# 4. 编辑samples文件
+# samples_id,inputSamplesFile
+# samples_id是choppy对workflow的编号，写阿拉伯数字就行
+# 即
+# 1,inputSamplesFile的阿里云地址
+# 5. 提交任务
+choppy batch RNAseq_QC-latest --project-name <project_name>
+# 6. 查询任务
+choppy query -s <workflow_id>
+choppy query -s <workflow_id> -m
+```
+
+
+
 # APP输出结果
 
-所有的结果都会整合进multiqc。
+所有的结果都会整合进multiqc。从阿里云上下载multiqc模块的输出
+
+1. **multiqc.html**
+2. **glob_一大串数字的文件夹**
+
+下载上述文件，将**glob_一大串数字的文件夹**名称改成**multiqc**，双击multiqc.html在浏览器中打开就能查看结果了。
 
 如果需要各模块详细的结果，可下载对应结果。

inputSamplesFileExamples.tsv

@@ -1,2 +1 @@
-#read1	#read2	#bam	#bai
 oss://chinese-quartet/quartet-test-data/WEGENE_T7/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL5_1_20191105_R1.fastq.gz	oss://chinese-quartet/quartet-test-data/WEGENE_T7/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL5_1_20191105_R2.fastq.gz	oss://pgx-result/renluyao/quality_control/20191223_wegeneT7_sentieon/0214dda2-9408-4bc2-9e7e-322e18d488ad/call-Dedup/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL8_1_20191105.sorted.deduped.bam	oss://pgx-result/renluyao/quality_control/20191223_wegeneT7_sentieon/0214dda2-9408-4bc2-9e7e-322e18d488ad/call-Dedup/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL8_1_20191105.sorted.deduped.bam.bai