readme

README.md

+# 原始数据和比对数据的质量控制
+
+> Author：Ren Luyao
+>
+> Git: http://choppy.3steps.cn/renluyao/RNAseq_QC.git
+>
+> Email: 18110700050@fudan.edu.cn
+>
+> Date: 2020/02/09
+
+# APP概述
+
+本APP包含了原始数据质量控制软件FastQC和FastqScreen和比对质量控制软件Qualimap，以及对多样本数据结果整合的multiqc。
+
+# APP输入
+
+本APP只有一个输入即inputSamplesFile，包含了需要计算样本的fastq read1与read2，bam和bam的index。
+
+这个文件是一个txt，tab分隔，第一列是read1的阿里云地址，第二列是read2阿里云地址，第三列是bam，第四列是bam index。每一行是一个样本。可查看模版inputSamplesFileExamples.tsv。
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+```bash
+#read1	#read2	#bam	#bai
+```
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+# APP输出结果
+
+所有的结果都会整合进multiqc。
+
+如果需要各模块详细的结果，可下载对应结果。

inputSamplesFileExamples.tsv

-#read1	#read2	#bam	#bai
+#read1	#read2	#bam	#bai
+oss://chinese-quartet/quartet-test-data/WEGENE_T7/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL5_1_20191105_R1.fastq.gz	oss://chinese-quartet/quartet-test-data/WEGENE_T7/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL5_1_20191105_R2.fastq.gz	oss://pgx-result/renluyao/quality_control/20191223_wegeneT7_sentieon/0214dda2-9408-4bc2-9e7e-322e18d488ad/call-Dedup/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL8_1_20191105.sorted.deduped.bam	oss://pgx-result/renluyao/quality_control/20191223_wegeneT7_sentieon/0214dda2-9408-4bc2-9e7e-322e18d488ad/call-Dedup/Quartet_DNA_BGI_T7_WGE_LCL8_1_20191105.sorted.deduped.bam.bai