readme

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@@ -64,27 +64,14 @@ rtg vcfstats <vcf_file>
 ```
 
 ## App输入变量与输入文件
-自定义文件格式的务必给出文件格式的详细说明，如下链接所示：[文件格式描述参考示例](http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/file_formats/index.html)
-
-输入变量是指定义在App中允许用户修改的值，可通过以下命令输出：
-
-```
-choppy samples <app_name>
-```
+准备inputSamplesFIle (tsv格式)
 
-此外，choppy支持定义默认值，App用户可通过以下命令修改defaults文件中定义的值。
+```bash
+#fastq_read1	#fastq_read2	#bam	#bai	#vcf	#sample_mark
 
-```
-choppy config --app-name <app_name> --key <key> --value <value>
 ```
 
-App开发者定义在App中的变量，可同时在App的defaults文件中预设默认值。defaults文件是一个json文件，如下所示：
 
-```
-{
-    "var_1": "value_1"
-}
-```
 
 ## App输出文件
 
@@ -151,26 +138,5 @@ RNAseq和甲基化的质控流程待完善
 
 在Version 1.0中暂时还没有考虑没有技术重复的问题，可输入姐妹、父母、父女、母女的配对，计算同卵双胞胎、亲属关系和陌生人之间基因突变位点的一致性。
 
-###3. 各模块运行流程
-
-准备inputSamplesFIle (tsv格式)
-
-```bash
-#fastq_read1	#fastq_read2	#bam	#bai	#vcf	#sample_mark
-
-```
-
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-(1) fastqc
-
-(2) fastqscreen
-
-(3) qualimap
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-(4) benchmarking ([hap.py](<https://github.com/Illumina/hap.py/blob/master/doc/happy.md>))
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-(5) multiqc
 
-(6) VcfStats