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###1. 中华家系1号标准物质介绍 |
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建立高通量全基因组测序的生物计量和质量控制关键技术体系,是保障测序数据跨技术平台、跨实验室可比较、相关研究结果可重复、数据可共享的重要关键共性技术。建立国家基因组标准物质和基准数据集,突破基因组学的生物计量技术,是将测序技术转化成临床应用的重要环节与必经之路,目前国际上尚属空白。中国计量科学研究院与复旦大学、复旦大学泰州健康科学研究院共同研制了人源中华家系1号基因组标准物质(**Quartet,一套4个样本,编号分别为LCL5,LCL6,LCL7,LCL8,其中LCL5和LCL6为同卵双胞胎女儿,LCL7为父亲,LCL8为母亲**),以及相应的全基因组测序序列基准数据集(“量值”),为衡量基因序列检测准确与否提供一把“标尺”,成为保障基因测序数据可靠性的国家基准。人源中华家系1号基因组标准物质来源于泰州队列同卵双生双胞胎家庭,从遗传结构上体现了我国南北交界的人群结构特征,同时家系的设计也为“量值”的确定提供了遗传学依据。 |
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建立高通量全基因组测序的生物计量和质量控制关键技术体系,是保障测序数据跨技术平台、跨实验室可比较、相关研究结果可重复、数据可共享的重要关键共性技术。建立国家基因组标准物质和基准数据集,突破基因组学的生物计量技术,是将测序技术转化成临床应用的重要环节与必经之路,目前国际上尚属空白。中国计量科学研究院与复旦大学、复旦大学泰州健康科学研究院共同研制了人源中华家系1号基因组标准物质(**Quartet,一套4个样本,编号分别为LCL5,LCL6,LCL7,LCL8,其中LCL5和LCL6为同卵双胞胎女儿,LCL7为父亲,LCL8为母亲**),以及相应的全基因组测序序列基准数据集(“量值”),为衡量基因序列检测准确与否提供一把“标尺”,成为保障基因测序数据可靠性的国家基准。人源中华家系1号基因组标准物质来源于泰州队列同卵双生双胞胎家庭,从遗传结构上体现了我国南北交界的人群结构特征,同时家系的设计也为“量值”的确定提供了遗传学依据。 |
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中华家系1号DNA标准物质的标称值包括高置信单核苷酸变异信息、高置信短插入缺失变异信息和77.9-78.1%的高置信参考基因组区。该系列标准物质可以用于评估基因组测序的性能,包括全基因组测序、全外显子测序、靶向测序,如基因捕获测序;还可用于评估测序过程和数据分析过程中对SNV和InDel检出的真阳性、假阳性、真阴性和假阴性水平,为基因组测序技术平台、实验室、相关产品的质量控制与性能验证提供标准物质和标准数据。 |
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中华家系1号DNA标准物质的标称值包括高置信单核苷酸变异信息、高置信短插入缺失变异信息和77.9-78.1%的高置信参考基因组区。该系列标准物质可以用于评估基因组测序的性能,包括全基因组测序、全外显子测序、靶向测序,如基因捕获测序;还可用于评估测序过程和数据分析过程中对SNV和InDel检出的真阳性、假阳性、真阴性和假阴性水平,为基因组测序技术平台、实验室、相关产品的质量控制与性能验证提供标准物质和标准数据。 |
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该Quality_control APP用于全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)数据的质量评估。 |
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该Quality_control APP用于全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)数据的质量评估。 |
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###2. 分析流程图 |
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