readme

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@@ -52,12 +52,12 @@ fastq_screen --aligner <aligner> --conf <config_file> --top <number_of_reads> --
 
 `--top`一般不需要对整个fastq文件进行检索，取前100000行
 
-``
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 ###2. 比对后数据质量控制
 
 #### [Qualimap](<http://qualimap.bioinfo.cipf.es/>)
 
+Qualimap是⼀一个⽐比对指控软件，包含Picard的MarkDuplicates的结果和sentieon中metrics的质控结果。
+
 ```bash
 qualimap bamqc -bam <bam_file> -outformat PDF:HTML -nt <threads> -outdir <output_directory> --java-mem-size=32G 
 ```
@@ -66,12 +66,16 @@ qualimap bamqc -bam <bam_file> -outformat PDF:HTML -nt <threads> -outdir <output
 
 #### [Hap.py](<https://github.com/Illumina/hap.py>)
 
+hap.py是将被检测vcf结果与benchmarking对比，计算precision和recall的软件，它考虑了vcf中突变表示形式的多样性，进行了归一化。
+
 ```bash
 hap.py <truth_vcf> <query_vcf> -f <bed_file> --threads <threads> -o <output_filename>
 ```
 
 #### [Jaccard index](<https://en.wikipedia.org/wiki/Jaccard_index>)
 
+Jaccard index是两个集合的交集除以两个集合的并集。这个计算过程用的是rtg-tools的vcfeval，
+
 ```bash
 rtg vcfeval -b <one_vcf> -c <another_vcf> -o <output_directory> -t <sdf_file>
 ```